四代DNA测序
第四代测序技术的核心特征是不再使用光检测,而是利用离子流测序,所以也称为后光测序。
这一代测序方法并不适用单分子测序。它测定的是伴随一个新脱氧核苷酸的参入释放出来的质子。这种方法测序的速度极快,相关的测序仪器比前几代测序所使用的仪器要便宜很多。例如,这种仪器可以在不到一天的时间测出一个人的全基因组序列。
离子流测序的基本原理
在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次参入ACGT。
DNA聚合酶以单链DNA为模板,按碱基互补原理,合成互补的DNA链。
DNA链每延伸1个碱基时,就会释放1个H+,在它们穿过每个孔底部时能被离子传感器检测到pH变化后,即刻便从化学信号转变为数字电子信号,从而通过对质子的检测,实时判读碱基。
在离子流半导体测序芯片上每个微孔的微球表面,含有大约100万个拷贝的DNA分子;如果DNA链含有两个相同的碱基,则记录电压信号是双倍的。如果碱基不匹配,则无质子释放,也就没有电压信号的变化。
这种方法属于直接检测DNA的合成,因少了CCD扫描和荧光激发等环节,几秒钟就可检测合成插入的碱基,大大缩短了运行时间。
纳米孔技术
纳米孔技术基于能在单分子水平上操作的显微仪器。DNA的纳米孔检测器特别细,一个纳米孔一次只允许一条DNA单链通过。
牛津纳米孔技术系统使用的纳米孔是由蛋白质制备而成的。在毫伏级电压的作用下,DNA的一条单链通过纳米孔向前泳动。随着单链DNA分子通过小孔,检测器记录纳米孔的电流变化。
电流的差别取决于每一个碱基以及不同碱基的组合。纳米孔技术的主要优点在于快速和能测定长的DNA,其他大多数测序方法测定的是短的DNA片段。
此外,可以将许多纳米孔集中装配在一个小小的芯片上,这样可以并行测定许多长的DNA片段。