GROMCAS入门教学

GROMCAS是常用的分子动力学模拟软件，动力学模拟往往是在分子对接完成后，对对接复合物进行操作的。分子对接一般负责寻找小分子配体和大分子受体的某个相互结合位点，相当于单帧图片；而动力学模拟则是在此基础上计算模拟配体-受体的动态相互作用过程。

经过动力学模拟解算后，我们往往会得到RMSD、RMSF、回旋半径Rg、结合自由能等数据，可以利用gmx xvg、origin、pyhon等绘制图表分析；同时还可以生成分子的运动轨迹，利用Pymol或VMD等输出可视化结合动画。

软件准备

GROMCAS软件本体

OpenBabel格式转换

Pymol可视化

VScode代码编辑器

Python编译器

Gussian 16W + Gussian view

流程简介

一般的gromcas工作流程是：分子拓扑文件准备 -> 限定分子活动空间（盒子） -> 溶剂化盒子 -> 添加离子调节电中性 -> 能量最小化 -> NVT和NPT温压平衡 -> 开始动力学模拟 -> 分析模拟结果。这些步骤里最复杂当属分子拓扑文件的准备，他在一定程度上直接决定着模拟的成败和模拟结果的好坏。gromcas的自带力场可能无法识别各式各样的小分子力场，因此我们需要手动挑选合适的力场参数，以匹配我们的分子结构。

接下来的文章中，我们将详细学习gromcas的各种参数配置、命令要求和各个步骤的作用，并理解gromcas的文件类型，输出结果。同时，你也可以阅读官方入门教学案例，快速上手动力学模拟！