简介

GROMCAS目前有 7 个教程可用：

1. 水中的溶菌酶：本教程的目的是向新用户提供一个基本的介绍，让他们了解使用 GROMACS 在“典型”系统上准备、运行和执行简单分析的工具。
2. DPPC 中的 KALP15：本教程更高级，专为想要模拟膜蛋白并了解力场结构和修饰的更有经验的用户而设计。
3. 伞式采样：本教程也比较高级，适用于希望学习使用伞形采样来计算沿单个线性自由度的平均力 （PMF） 势能的用户。
4. 双相系统：双相环己烷-水系统的构建。
5. 蛋白质-配体复合物：第五个教程指导用户如何处理蛋白质-配体系统，重点是正确的配体参数化和拓扑处理。
6. 溶剂化自由能：本教学案例介绍了执行简单自由能计算的过程，即消除简单分子（甲烷）与水之间的范德华相互作用。讨论了更复杂的系统。
7. 虚拟站点：本教程将指导用户手动构建非常简单的线性三原子分子 （CO2） 的虚拟位点。

所有这些教程都假定您使用的是 GROMACS 版本 2018 或更高版本。如果您使用的是旧版本，则并非此处详述的所有功能都有效！一些 .mdp选项和命令行参数在版本之间会发生变化，尤其是在版本 5.0 和 5.1 中引入的新功能，甚至是自 2016.x 系列以来的一些变化。如果您使用的是其他版本，请注意：这些教程可能无法按预期工作。