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输入配置 ​

&General ​

包含适用于从GROMACS文件构建AMBER拓扑所需的计算或参数的所有方面的变量。

sys_name ​

（默认值 = 无） 定义 System Name。当尝试同时分析多个系统或计算预测能量和实验能量之间的相关性时，这非常有用。如果未定义名称，则在加载系统时将按照先到先得的原则分配一个名称。gmx_MMPBSA_ana

startframe ​

从中开始从完整轨迹中提取的起始帧，默认是第一帧，可以选择从构象稳定后的帧开始计算。

endframe ​

计算的截止帧，默认为9999999。

interval ​

从每个轨迹文件中选择帧的偏移量。例如，间隔为 2 时，将从 startframe 开始到小于等于 endframe 的时间段内每 2 帧抽取一次。

forcefields ​

选择匹配的力场拓扑文件，默认值为 “oldff/leaprc.ff99SB，leaprc.gaff”。

在使用了top文件配置时，则不需要这个参数，这里强烈建议以-cp topol.top的形式配置该参数。

PBRadii ​

（默认值 = 3）

以下是一个示例配置参数：

&General
sys_name = "Prot-Lig",
startframe = 1,
endframe = 999999,
interval = 10,
/

&pb ​

&pb
istrng=0.15, 
fillratio=4.0, 
radiopt=0,
/

&decomp ​

配置氨基酸残基分解贡献的配置项目

idecomp ​

配置要使用的能量分解方案，此为必须项，无默认值：

  • 1：在内部潜在项中增加 1-4 项的每残差分解
  • 2：在 EEL 中加入 1-4 个 EEL，在 VDW 电位项中加入 1-4 个 VDW 的每残基分解
  • 3：成对分解，将 1-4 项添加到内部潜在项
  • 4：成对分解，在 EEL 中增加 1-4 个 EEL，在 VDW 电位项中增加 1-4 个 VDW

dec_verbose ​

设置将在 decomp_output 文件中打印的输出级别，默认值为0：

  • 0：DELTA 能量，仅总贡献
  • 1：DELTA 能源、总量、侧链和骨干贡献
  • 2：复合物、受体、配体和 DELTA 能量，仅总贡献
  • 3：复合物、受体、配体和 DELTA 能量、总、侧链和主链贡献

选择要在输出计算的残基，默认值为 "within 6" ：

从受体和配体中选择残基所需的 Å 中的最大距离标准。

csv_format ​

输出标准csv文件配置，默认值为0：

  • 0：以标准 ASCII 格式写出的数据。
  • 1：以 CSV 文件形式写出的数据，计算并包含所有数据的平均值标准误差。

以下为配置示例，将输出距离为4 Å以下的氢键：

&decomp
idecomp=2, 
dec_verbose=3,
print_res="within 4"
/