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gmx_MMPBSA

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gmx_MMPBSA 是一种基于 AMBER MMPBSA.py 的新工具,旨在使用 GROMACS 文件执行最终状态自由能计算。

gmx_MMPBSA可以执行多项计算,例如:

  • 将自由能计算与 PB、GB 和/或 3D-RISM 模型绑定
  • 丙氨酸扫描
  • 结合自由能分解
  • 熵校正(IE、C2、NMODE)
  • 稳定性
  • QM/MMGBSA

的工作流程如下: