文件解读
PDB
PDB文件的数据块由无数行组成，每行80列，每行的前六列表示该行的属性。
ATOM
当标识为ATOM时表示该行为原子信息行，其遵守的规范和示例如下：
bash
1 2 3 4 5 6 7 8
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ATOM 46 NE AARG A 8 12.984 84.447 90.163 0.50 39.94 N1+| 序号 | 类型 | 含义 | 示例 | 说明 |
|---|---|---|---|---|
| 1 - 6 | 字符串 | ATOM | ATOM | 表示该行为原子行 |
| 7 - 11 | 整数 | 原子编号 | 46 | 这是第一个原子 |
| 13 - 16 | 字符串 | 原子名称 | NE | 原子名称为NE |
| 17 | 字符 | 多构象标注 | A | 该原子属于A构象 |
| 18 - 20 | 字符串 | 残基名称 | ARG | 该原子属于ARG残基 |
| 21 | - | 空位 | - | 空位 |
| 22 | 字符串 | 链ID | A | 属于A链 |
| 23 - 26 | 整数 | 残基编号 | 8 | 该残基是8号残基 |
| 27 | 字符 | 插入码 | - | 空 |
| 28 - 30 | - | 空位 | - | 空位 |
| 31 - 38 | Real(8.3) | x坐标 | 12.984 | x坐标 |
| 39 - 46 | Real(8.3) | y坐标 | 84.447 | y坐标 |
| 47 - 54 | Real(8.3) | z坐标 | 90.163 | z坐标 |
| 55 - 60 | Real(6.2) | 占位率 | 0.50 | 表示多构象时原子在该位置的概率是0.5 |
| 61 - 66 | Real(6.2) | 温度因子 | 39.94 | 描述原子热运动程度 |
| 67 - 76 | - | 空位 | - | 空位 |
| 77 - 78 | 字符串 | 元素符号 | N | 氮元素 |
| 79 - 80 | 符号数 | 电荷 | 1+ | 带1个正电荷 |
其他说明：
- 蛋白质的ATOM记录从氨基到羧基末端排列；核酸残基从5'端到3'端列出；多糖没有具体排序。
- 链中的 ATOM 记录列表被 TER 记录终止。
ANISOU
当标识为ANISOU，表示该行为各向异性温度因子，ANISOU行不是必须的，其遵守的规范和示例如下：
bash
1 2 3 4 5 6 7 8
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ANISOU 107 N GLY A 13 2406 1892 1614 198 519 -328 N| 序号 | 类型 | 含义 | 示例 | 说明 |
|---|---|---|---|---|
| 1 - 6 | 字符串 | ANISOU | ANISOU | 表示该行为原子行 |
| 7 - 11 | 整数 | 原子编号 | 1 | 这是第一个原子 |
| 13 - 16 | 字符串 | 原子名称 | N | 原子名称为N |
| 17 | 字符 | 替代位置编码 | 暂无 | |
| 18 - 20 | 字符串 | 残基名称 | ALA | 该原子属于ALA残基 |
| 21 | - | 空位 | - | 空位 |
| 22 | 字符串 | 链ID | A | 属于A链 |
| 23 - 26 | 整数 | 残基编号 | 1 | 一号残基ALA1 |
| 27 | 字符 | 嵌合物编码 | 暂无 | |
| 28 | ||||
| 29 - 35 | 整数 | |||
| 36 - 42 | 整数 | |||
| 43 - 49 | 整数 | |||
| 50 - 56 | 整数 | |||
| 57 - 63 | 整数 | |||
| 64 - 70 | 整数 | |||
| 77 - 78 | 字符串 | 元素符号 | N | 氮元素 |
| 79 - 80 | 符号数 | 电荷 | 1+ | 带1个正电荷 |