文件类型简介

参数文件

mdp：提供给gmx grompp 和 gmx convert-tpr命令运行的参数文件

m2p：提供给gmx xpm2ps的参数文件

结构文件

gro、g96：GROMACS 和 GROMOS-96 的结构文件

pdb：常用蛋白质/大分子的结构文件

结构+质量(db): tpr, gro, g96, pdb：分析工具的结构和质量输入， 当使用 gro 或 pdb 时，将从质量数据库中读取近似质量。

拓扑文件

top：系统拓扑文件

itp：分子拓扑文件，定义分子系统的拓扑结构，包含分子中原子、键、角、二面角等相互作用的信息

rtp：残基的拓扑文件

ndx：索引文件

n2t：原子命名定义文件

atp：原子类型库

r2b：残基到构建块的映射文件

arn：原子重命名文件

hdb：氢原子数据库

vsd：虚拟站点文件

tdb：termini数据库

不同点

文件类型	描述	主要用途	示例内容
.top	主拓扑文件，定义整个系统的拓扑结构。	描述模拟系统的完整拓扑，包括分子类型、分子数量、力场参数等。	包含分子类型、系统组合、力场参数等，通常引用多个.itp文件。
.itp	分子拓扑文件，定义单个分子或分子片段的拓扑结构。	描述单个分子或分子片段的拓扑，通常被.top文件引用。	包含原子、键、角、二面角等信息，通常用于定义蛋白质、水分子等。
.rtp	残基拓扑文件，定义氨基酸或核酸残基的拓扑结构。	用于自动生成蛋白质或核酸的拓扑结构，通常被pdb2gmx工具引用。	包含残基的原子、键、默认二面角等信息，用于构建蛋白质或核酸的拓扑。

• .top 是主文件，描述整个系统。
• .itp 是模块化文件，描述单个分子或片段。
• .rtp 是残基模板文件，用于自动生成蛋白质或核酸的拓扑。

运行输入文件

tpr：系统拓扑、参数、坐标和速度

轨迹文件

tng：任何数据

trr：x、v、f

xtc：仅x

gro：x和v

g96：仅x

pdb：仅x

全精度数据的格式：tng、trr

通用轨迹格式：tng, xtc, trr, gro, g96,pdb

能量文件

ene：能量、温度、压力、盒子大小、密度和维里尔张量（virials）

edr：能量、温度、压力、盒子大小、密度和维里尔张量（virials）

通用能量格式：edr, ene

其他文件

dat：通用首选输入文件

edi：gmx mdrun的基本动力学约束输入文件

eps：封装的Postscript，EPS文件基于PostScript语言，存储的是矢量图形，由数学公式描述的线条、形状和颜色组成。

log：日志文件

mtx：二进制矩阵数据

out：通用，首选输出

tex：LaTeX输入文件

xpm：ascii矩阵数据，可以使用gmx xpm2ps转换为eps文件

xvg：输出图表文件