常用库
PyTorch及其扩展
Torch官方库
| 包名 | 用途 |
|---|---|
| torch | 核心库。提供张量计算、自动求导、神经网络层、优化器等所有基础功能 |
| torchvision | 计算机视觉工具包。提供图像数据集、模型、变换等 |
| torchaudio | 音频处理工具包。提供音频 I/O、特征提取、数据集等 |
PyG库
PyG库是一个专门用于处理图神经网络的pytorch库，它提供了众多处理图结构数据的接口。
| 包名 | 用途 |
|---|---|
| torch_geometric | GNN (PyG)图神经网络库，提供了图数据结构、图卷积层和各种图数据集 |
| torch-scatter | 加速 “散射” 和 “聚集” 操作 |
| torch-sparse | 提供高效的稀疏矩阵运算，用于存储和操作图的邻接矩阵 |
| torch-cluster | 提供图聚类算法，如 k-means |
| torch-spline-conv |
Hugging Face系列库
| 包名 | 用途 |
|---|---|
| transformers | 提供自然语言处理训练的API |
| datasets | 提供了一个统一的接口来加载和处理各种 NLP、CV、音频等数据集 |
| evaluate | 用于加载各种评估指标来评估模型性能 |
| diffusers | 提供了构建和使用扩散模型进行图像生成的工具 |
化学分子相关库
| 包名 | 用途 |
|---|---|
| RDKit | 化学分子信息学操作库 |
| BioPython | 生物领域序列处理、文件处理和数据库交互的库 |
| Open Babel | 分子格式文件转换库 |
| Meeko | 为分子对接准备配体 (PDBQT 格式) |
| AutoDock Vina | 开源分子对接软件 |
| GNINA | 利用CNN的分子对接软件 |
| ProDy | 蛋白质结构分析、分子动力学轨迹分析 |
| MDTraj | 分子动力学轨迹分析 |
| GROMACS | 分子动力学模拟软件 |
| Amber | 分子动力学模拟软件（Linux平台） |
| OpenMM | 提供Python接口的分子动力学库 |
| PDB2PQR | 将PDB文件预处理为PQR |
| APBS | 计算蛋白质表面静电势分布数据等 |
| PyMesh2 | 可视化 APBS 结果，结构拓扑分析 |
一般工作流程：RDKit (加载分子 SMILES) → RDKit (生成 3D 构象) → Open Babel (力场优化) → Meeko (转换为 PDBQT) → AutoDock Vina (执行对接)